소식

Aug 03, 2023

크기가 큰

기생충 및 벡터 16권, 기사 번호: 265(2023) 이 기사 인용 90 액세스 4 Altmetric Metrics 세부 정보 플라비바이러스는 병인학적인 특징을 포함하는 다양한 RNA 바이러스 그룹입니다.

기생충 및 벡터 16권, 기사 번호: 265(2023) 이 기사 인용

90 액세스

4 알트메트릭

측정항목 세부정보

플라비바이러스는 모기를 통해 전염되는 지카 바이러스, 뎅기열, 황열병의 원인균을 포함하는 다양한 RNA 바이러스 그룹입니다. 플라비바이러스는 역전사효소를 암호화하지 않으며 DNA로 역전사할 수 없지만, 플라비바이러스의 DNA 서열은 Aedes aegypti 모기의 염색체에 통합되어 있고 염색체외 서열로 모두 발견됩니다. 우리는 이전에 Ae를 조사했습니다. aegypti 참조 게놈을 사용하여 플라비바이러스 통합을 식별하고 464 Ae의 전체 게놈 데이터 중에서 이러한 서열의 보존을 분석했습니다. aegypti는 전 세계 10개국에서 수집되었습니다. 여기에서는 Ae와 독립적으로 이러한 샘플에서 플라비바이러스 서열을 식별하여 이 분석을 확장했습니다. aegypti 참조 어셈블리. 우리의 목표는 참조 게놈에 없는 것을 포함하여 전체 바이러스 서열 세트와 지리적 분포를 식별하는 것이었습니다. 식별된 서열을 BLASTn을 사용하여 비교하고 기계 학습 방법을 적용하여 유사한 서열의 클러스터를 식별했습니다. 이전에 설명한 4가지 바이러스 통합 이벤트에 해당하는 시퀀스 클러스터 외에도 19개의 더 작은 클러스터를 식별했습니다. 강력한 지리적 연관성을 지닌 유일한 클러스터는 태국에 특이적인 세포 융합 물질 바이러스 유사 서열로 구성되었습니다. 나머지 클러스터는 지리적 연관성이 없었고 대부분 알려진 플라비바이러스 게놈과 강한 유사성이 없이 거의 동일한 짧은 서열로 구성되었습니다. 짧은 판독 시퀀싱 데이터를 통해 식별된 서열이 염색체 외인지 또는 Ae에 통합되었는지 여부를 결정할 수 없었습니다. 이집트 염색체. 우리의 결과는 리버풀이 Ae를 긴장시키고 필드에 있음을 시사합니다. aegypti 모기는 유사하게 다양한 종류의 보존된 플라비바이러스 DNA를 가지고 있으며, 이들의 기능적 역할은 후속 연구에서 조사되어야 합니다.

이전 출판물 [1]에서 우리는 Aedes aegypti와 Ae의 참조 게놈을 조사했습니다. albopictus는 비레트로바이러스 내인성 바이러스 요소(nrEVE)에 대한 이해를 향상시키기 위해 통합된 플라비바이러스 서열을 식별하는 데 사용됩니다(최근 검토는 [2] 참조). 우리는 또한 확인된 바이러스 서열의 보존을 이해하기 위해 공개적으로 이용 가능한 Aedes 전체 게놈 서열 분석 데이터를 조사했습니다. 우리는 Ae에서 nrEVE를 발견했습니다. albopictus는 거의 보존되지 않은 채 매우 다양했습니다. 대조적으로, 우리는 Ae에서 거의 모든 nrEVE를 발견했습니다. aegypti 참조 게놈은 4가지 별개의 바이러스 통합 이벤트(VIE)에서 유래되었습니다. 우리는 참조 게놈에서 플라비바이러스 nrEVE 서열의 다양성은 이들 4개 VIE의 복제 및 단편화의 결과라고 결론지었습니다. 에. aegypti nrEVE 조각은 조사된 거의 모든 서열 분리 개체에 존재했지만 계통발생군이 없는 별과 같은 계통발생 구조를 보였으며 이는 공통 조상의 최근 개체군 확장 사건을 나타냅니다.

이러한 네 가지 핵심 이벤트와 함께 이전 작업에서 우리는 Ae에서 많은 짧은(< 50nt) 플라비바이러스 유사 시퀀스를 관찰했습니다. 당시에는 분석하지 않았던 aegypti 참조 게놈입니다 [1]. 또한, 다른 조사에서는 일부 지리적 특이성과 함께 세포 융합 바이러스(NC_001564.2)에 대해 매우 높은 동일성(> 95%)을 갖는 긴 서열을 발견했습니다[3, 4]. 다른 연구에서는 플라비바이러스 감염 중에 Aedes 모기에 의해 바이러스 DNA가 생성된다는 사실이 밝혀졌습니다[5, 6].

이전 접근 방식의 한계는 모기 참조 게놈에 존재하는 nrEVE에 초점을 맞추는 것이었습니다. 이 간략한 보고서에서 우리는 Ae에서 추정 플라비바이러스 DNA(pfDNA)의 환경을 조사하여 이러한 제한 사항을 해결합니다. 참조 게놈과 독립적으로 aegypti. 특히, 우리는 참조 게놈에 없는 지리적으로 특정한 pfDNA를 식별하는 것을 목표로 했습니다. 강력한 분석에서 우리는 모기 DNA와 바이러스 서열 사이의 일치 길이가 매우 짧은 고품질 서열을 의도적으로 포함하여 지리적 영역 전체에 걸쳐 보존된 서열 신호를 강화했습니다. 우리는 짧은 읽기 시퀀싱 데이터를 사용하므로 pfDNA 서열이 염색체 내인지 염색체 외인지 확인할 수 없습니다. 또한 앞서 설명한 대로 4가지 바이러스 통합 이벤트(VIE1~VIE4)에 속하는 시퀀스를 재검토하지 않습니다[1]. 분석을 위해 공개적으로 사용 가능한 464개의 Ae를 정렬했습니다. aegypti WGS(whole-genome sequencing) 라이브러리[7]를 모든 NCBI RefSeq 데이터베이스 Flaviviridae 서열(n = 118, 2020년 4월 현재)[7] 및 이전에 식별한 nrEVE[1](표 1, 추가 파일 2: 그림 1)에 적용합니다. S1). 정렬을 위해 우리는 매우 민감한 설정(-D 15 -R 2 -N 0 -L 11 -i S, 1, 0.75)을 갖춘 bowtie2 소프트웨어[8]를 사용했습니다. 매핑된 읽기는 SPAdes(v3.13.0) 소프트웨어[9]를 사용하여 25,049개의 contig로 새롭게 조립되었으며, 격리당 중앙값은 53개의 contig입니다(범위: 8-138). Contig 길이의 분포는 중앙 길이가 200nt이고 가장 긴 contig가 10,057nt인 지수형 분포를 따랐습니다.